«Фантастические твари — 3: Тайны Дамблдора» стартовал в прокате с весьма скромными результатами, по сравнению с другими фильмами о вселенной Гарри Поттера. Кинолента собрала в американском кинопрокате за первый уикенд всего 43 млн долларов.
Первая часть фильма собрала в первые выходные 74 миллиона, а следующая — 62. Третья часть стартовала в 22 странах мира. Общая сумма сборов составила 68 млн долларов, включая китайский прокат (10 миллионов), где были вырезаны некоторые сцены из-за пропаганды нетрадиционных сексуальных отношений.
В России кинокартина не вышла в прокат из-за приостановки деятельности компании Warner Bros. По слухам, одной из причин низких сборов фильма «Фантастические твари — 3: Тайны Дамблдора» стало исключение из проекта актера Джонни Деппа.